1、申请购买手续不同。投资者购买储蓄国债（凭证式），可持现金直接购买，且仅能通过柜台购买；投资者购买储蓄国债（电子式），需开立个人国债托管账户并指定对应的资金账户后购买，可以通过柜台、网上银行、手机银行等渠道购买。

2、债权记录方式不同。储蓄国债（凭证式）债权采取填制“中华人民共和国储蓄国债（凭证式）收款凭证”的形式记录，由各承销银行和投资者进行管理；储蓄国债（电子式）以电子记账方式记录债权，采取二级托管体制，由各承办银行总行和中央国债登记结算有限责任公司统一管理，降低了由于投资者保管纸质债权凭证带来的风险。

3、付息方式不同。储蓄国债（凭证式）为到期一次还本付息；储蓄国债（电子式）一般为按年付息。

4、到期兑付方式不同。储蓄国债（凭证式）到期后，需由投资者前往承销机构网点办理兑付事宜，逾期不加计利息，部分银行可办理约定转存业务；储蓄国债（电子式）到期后，承办银行自动将投资者应收本金和利息转入其资金账户，转入资金账户的本息资金作为居民存款按活期存款利率计付利息。